Trường Đông Kinh Nghĩa Thục lúc đầu chỉ có ba lớp với khoảng 100 trò. Đến tháng 5/1907 khi có giấy phép chính thức, trường tăng lên 8 lớp, chủ yếu dạy chữ quốc ngữ. Trường dạy miễn phí chữ Quốc ngữ cho các học trò thời Pháp thuộc. Không chỉ là nơi dạy học, về sau trường trở thành một địa bàn hoạt động sôi nổi của các sĩ phu yêu nước, chống Pháp khắp Hà Nội và một số vùng lân cận. Mục đích của nhà trường là: